明治6年（1873年）文部省は総人口の調査、全国の開業医数、薬店名・数等々、医・薬についての諸般の調査を行い、同年12月27日｢医制｣の成案を太政大臣に上申した。よって翌7年（1874年）3月12日裁可の指示を得、薬舗開業試験実施通達を先ず東京へ、次いで9月7日京都、大阪へ布達され、従来の薬屋は通薬業（後の薬種商）とし、薬舗主（後の薬剤師）は必ず試験を受けて許可することとした。
京都府では全国にさきがけて明治8年（1875年）7月薬舗開業試験を実施し15人が合格、後に命名される薬剤師が誕生することになった。合格者のなかには、上田勝行、喜多川義比、慶松勝左衛門、掛見喜兵衛等、後に京都薬業界で活躍する名を見ることができる。明治23年までの合格者は50数名であった。
明治10年（1877年）頃から薬局の将来に期待するものが全国に増加しはじめ、薬舗（薬局）の質的向上と業権確立のための組織結集の機運が高まり、京都では明治22年（1889年）に薬律が制定される数年前から、有志56名により京都薬舗会が結成された。この集まりが核となって、明治22年12月9日の臨時総会をもって京都府薬剤師会と改称、会則を定めて産声を上げた。翌明治23年（1890年）に中央へ設立経過報告と共に設立届を提出し承認された。ときに会員数56名、会長は小泉俊太郎、副会長に慶松勝左衛門を選出し、事務所は下京区四条裏寺町25番戸の西林寺内に設けられた。

　昭和20年（1945年）第二次世界大戦の終結後の京都府薬剤師会は、かねてよりの念願である医薬分業の道を志向し続け、占領下、米国薬剤師会使節団の勧告による｢医薬分業法｣の制定もみられたが内容は全く取るに足らない結果となった。昭和36年（1961年）国民皆保険制度により任意の形で分業応需態勢とられるが、歯科処方箋のみに終始した。しかし、ここ10年ぐらいは遅きに失した京都府における医薬分業も次第に発展の方向にあり、一層の質の向上を求められている。

　昭和40年（1965年）頃から薬剤師の公衆衛生活動が活発となり昭和45年には京都府とタイアップして｢薬と暮らしの教室｣即ち薬の啓発活動を府民に行っており、今年で45年目（平成27年4月現在）にあたっている。また、近年は他団体との共催し様々な健康イベントに参加し、府民に対し｢お薬相談｣や｢お薬手帳｣等の啓発活動を続けている。

　平成4年（1992年）の医療法改正によって、薬剤師が医療の担い手として明記された。その後、医薬分業の発展や医療の高度化・多様化が進むなかで、薬局薬剤師、病院薬剤師はそれぞれの立場で、薬の専門家として医薬品の適正使用・安全管理に活躍し、また自己研鑽を通して自らのレベルアップに励んできた。この間に薬剤師の業務内容は大きく変わり、薬剤師の薬物治療に対する貢献度は着実に増加し、チｰム医療が進むなかで薬剤師の責任は益々重くなってきた。同時に医療の高度化・多様化、薬剤師職能の広がりと深まりに伴い、薬薬連携の必要性も叫ばれるようになった。その流れのなかで組織統合の話が、京都府薬剤師会と京都府病院薬剤師会の役員の間で自然発生的に起こり、ついに平成22年（2010年）4月に全国に先駆けて京都府薬剤師会（薬局・店舗販売業）と京都府病院薬剤師会（病院・診療所）の組織統合が実現し、会員数約3千人を擁する新たな社団法人京都府薬剤師会として生まれ変わった。

　平成25年（2013年）3月19日付で｢一般社団法人及び一般財団法人に関する法律の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（平成18年法律第50号）第45条の規定により、｢一般社団法人｣として認可された。同年4月1日より、一般社団法人京都府薬剤師会として一歩を踏み出した。

　平成27年（2015年）4月からは、学校薬剤師の知識および技術の向上を図り、学校薬剤師相互の連携を円滑にし、学校保健の発展に寄与することを目的とし京都府学校薬剤師会と組織統合を行い現在に至っている。

　本会は、公益社団法人日本薬剤師会、一般社団法人日本病院薬剤師会並びに京都府内に所在する地域及び職域の薬剤師会と協力し、薬剤師の倫理的及び学術水準を高め、薬学及び薬業の進歩発展を図るとともに京都府内の衛生上の安全を図るために必要な事業を行い、もって公衆衛生の向上に寄与することを目的とする。

（1） 薬剤師の倫理向上に関する事項
（2） 薬学の進歩を助成し、薬業の発展の促進に関する事項
（3） 薬剤師の職能及び社会的、経済的地位の向上に関する事項
（4） 公衆衛生の普及指導に関する事項
（5） 薬事衛生の向上普及に関する事項
（6） 医薬品等の試験及び環境衛生の検査に関する事項
（7） 医薬品の備蓄及び医薬品情報に関する事項
（8） 学校保健に関する事項
（9） 社会保険に関する事項
（10）優良医薬品の生産及び普及並びに流通の適正化に関する事項
（11）会員の相互扶助及び福利厚生に関する事項
（12）機関紙及び薬学・薬事関係図書の刊行並びに図書・資料の整備に関する事項
（13）地域医療への貢献並びに医療安全の確保に関する事項
（14）災害時等の医薬品の確保・供給に関する事項
（15）薬剤師の職業紹介に関する事項
（16）日本薬剤師会、日本病院薬剤師会等との連携、協力及び支援に関する事項
（17）その他目的達成に必要な事業

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